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一、 設備簡介：
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(A) 蛋白質電泳系統
1. 1-D 等電點電泳儀：
(1)IPGphor 六台。
(2) 各種長度的 IEF strip holder 及 Cup-Loading stripholder 和 Reswelling tray 。
(3) 依據等電點之不同，將蛋白質做初步分離。
(4) 一次可同時進行 12 片。
2. 大型雙層電泳槽：
(1)SE600 Ruby Standard Dual Cooled Vertical Unit 10 套。
(2) 根據分子量之不同，進行二次分離。
(3) 一次可進行 2 片或者藉由 Cassette 同時進行 4 片或 6 片。
3. 高輸出蛋白質電泳槽：
(1)Ettan Dalt six electrophoresis unit 3 套。
(2) 依據分子量大小來進行分離。
(3) 一次可進行 6 片。
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(B) 影像掃描及分析系統
1.Image Scanner ：用可見光掃描，適用於 Coomassie blue 或 Silver stain 染色的蛋白質膠片。
2. Densitometer ：用雷射掃描，可做定量分析。
3.Typhoon 9400 Variable Mode Imager ：可選擇波長 532nm 或 633nm 兩種光源來掃描，適用於螢光、化學冷光及磷光等不可見光染色的蛋白質膠片。
4. 二維電泳膠片分析軟體：有三台電腦提供 ImageMaster 2D Elite Software 做離線分析使用。
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(C) 取樣機 (Ettan Spot Picker) ：透過電腦連線，可將蛋白質膠片上，某特定部位的點以手動或自動的方式擷取下來，做進一步的分析。
(D) 自動染色機 (Automated stainner) ：經程式設定後，可自動進行 Coomassie blue/Silver/Ruby 的染色。
(E) 加速真空濃縮機：用於濃縮乾燥溶於水或有機溶劑中的檢體。
(F) 手握型組織均質機：有多種均質轉頭可供選擇， Sample處理量：0.03 ~21 ml。
(G) 全自動微電腦冷凍切片機： Leica CM3050S 機種，可用於組織切片。
(H) 雷射顯微捕捉儀 (LCM) ：
1. 採用美國 ARCTURUS 公司生產之 PixCell R IIe Laser Capture Microdissection (LCM) system 。
2. 透過 CCD camera 連線電腦，可直接在 LCD monitor 上觀察檢體，在精密的雷射定位下，可精確地將目標細胞擷取下來，且能完整保存其細胞功能。
(I) Ultraflex MALDI/TOF Mass Spectrometer. (Bruker Daltonic inc.)
解析度 > 5,000 for m/z=2465.2(linear mode)
解析度 >25,000 for m/z=3147(reflectron mode)
(J) Esquire 3000 plus ESI/Ion trap Mass Spectrometer (LC-MS)
解析度 : 50-3000 resolution 0.3u FWHM
(K) Biotool data analysis software.
資料庫比對軟體 (MS, or MS/MS searching)
(L) 全自動流通式生物感測系統 (Biomolecular Interaction Analysis System-Biacore 3000,Amersham)： 可做不同分子之間交互作用與分析。
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二、 放置位置：
醫學大樓九樓蛋白質電泳暨分析實驗室(Rm:0916)
及蛋白質質譜分析實驗室(Rm:0912)。
三、 服務時間：
星期一至星期五：上午九點至下午五點。
四、 服務項目：
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(一) 蛋白質電泳之樣品處理流程：
檢體前處理： |
透過組織均質機、超音波粉碎機、冷凍切片機及雷射顯微捕捉儀 (LCM) 之操作使用，以收集足夠的樣品數量，才能做進一步的分析。 |
一維電泳： |
根據各個蛋白質不同的等電點 ，先進行初步分離。 |
二維電泳： |
再根據其分子量大小，進行二次分離。 |
染色： |
之後選擇 Coomassie blue/Silver stain/Ruby stain 進行染色。 |
影像處理： |
透過膠體掃描及影像分析系統擷取蛋白質分布之圖檔。 |
蛋白質取樣： |
利用 Spot Picker 以手動或自動的方式截取特定標的物，以便做進一步分析。 |
分析結果： |
包括實驗條件及二維電泳膠之掃描影像圖檔 ( 磁片或光碟 ) 。 |
(二) 蛋白質質譜分析：
電泳膠體或溶液態的peptide或是蛋白質樣品之質譜圖鑑定及質譜 /質譜圖之分析、比對及解讀。
項 目 |
應 用 範 例 |
| 1.peptide或蛋白質質譜圖 (MS) 之取得 |
1. 合成或純化所得之 peptide ，或人工表現之自然或突變態胜?或蛋白質等已知序列之樣品，僅為確定樣品分子量是否與預期相符者。
2. 樣品為peptide之混合物 (digest) ，為得知內含所有peptide之分子量，以作為身份認定用，較適合以 MALDI-TOF 進行。
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| 2.peptide結構解析質譜圖 (MS/MS) 之取得 |
1. 合成或純化所得之 peptide 之氨基酸序列分析。
2. 在 MALDI/TOF 實驗中，對單種或多種蛋白質混合之樣品，進行酵素水解，經 peptide mass fingerprinting 分析後，對特定分子量之 peptide 進行序列分析，以確認蛋白身份或可能的修飾型式及位置，但選定之 peptide 數量宜小於 5 段。
3. 在 LC/MS/MS 實驗中，對樣品中每段 peptide 進行序列分析。
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| 3.資料庫比對分析 (MS peptide mass fingerprinting 或 MS/MS sequencing) |
1. 本實驗室之資料庫之比對軟體將開放給參加過講習之人員使用。
2. 數據亦可委由本實驗室代為分析，但僅限於由本實驗室生產之數據。
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分析結果：將列印報告書並燒錄成光碟，一併交予申請人。本實驗室將保存實驗結果三個月，之後即行刪除。 |
五、 申請辦法：
1. 欲申請或使用本核心實驗室資源及服務者，請依照本實驗室服務申請流程自行評估適當做法後，再檢附申請表或 現有計劃書 proposal ( 註一 ) ，向實驗室聯絡人 ( 如後說明 ) 提出申請。
2. 計劃書內容經評估同意後，計劃主持人必須指派專人參加核心實驗室舉辦之樣品前處理研習課程 ( 註二、三 ) ，並通過相關儀器設備操作訓練或使用認可後，方取得自行上機之資格。
3. 填寫申請表時，請務必就 樣品來源及危險性 詳加說明，以確保人員安全。
4. 欲委託上機者，在接到申請表核准通知後，應依照核心實驗室網頁所建議之標準方法備製樣品。送件前請先與收件聯絡人約定時間再繳交樣品並等候通知領取分析結果。
註一：評估重點在於其計劃是否為長庚支持以蛋白質體為研究方法之重點發展研究計劃，以及是否有專人可從事蛋白質體相關研究工作？
註二：由於質譜儀具有高精密度及高敏感度的特性，其數據之好壞、是否具有判讀意義，其sample preparation的過程做的好不好是重要關鍵，因此申請人必須事先參加相關的蛋白質體研習課程，才能收到事半功倍的效果。
註三：蛋白質體研習課程分定期與不定期辦理，定期則配合寒暑假研究所之課程進行，不定期則依實際情況需要，擇期辦理，時間及詳細辦法則另行公佈。
六、 收費標準：
( 一 ) 電泳部分：
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1.委託服務收費標準：含GelBond(厚度1.0mm) , 單位：元 / 片
項 目 |
7CM |
13CM |
24CM |
Gel without stain |
700 |
1400 |
2520 |
with Coomassie blue |
1700 |
2000 |
3600 |
with Silver stain |
2000 |
2500 |
4500 |
with Ruby stain |
4000 |
7500 |
13500 |
2.自行操作收費標準：
項 目 |
單 位 |
單價 ( 元 ) |
做膠 |
7 cm Gel |
片 |
300 |
13 cm Gel |
片 |
600 |
24 cm Gel |
片 |
1200 |
GelBond |
片 |
200 |
染色 |
with Coomassie blue |
400 ml/ 次 |
300 |
with Silver stain |
400 ml/ 次 |
400 |
with Ruby stain |
ml |
10 |
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( 二 ) 質譜分析部分：
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服 務 項 目 |
收費標準 ( 元 / 件 ) |
校內 |
校外 |
1. 膠體內蛋白質酵素水解 |
800 |
1200 |
2. 已水解蛋白質之 MS 圖譜取得 ( 校外一般委託案含資料庫比對分析 ) |
300 |
800 |
3. peptide 之 MS 及 MS/MS 圖譜取得 ( 校外一般委託案含資料庫比對分析 ) |
500 |
1500 |
4. 資料庫之比對分析 (MS peptide mass fingerprinting 或 MS/MS sequencing) |
300 |
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註 1:進行第3項實驗，必須加做第2項實驗。
註 2:對外來數據，不單獨承接進行第4項實驗。
註 3:若有異動，以最新公佈者為準。
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七、 送件要求：
( 一 ) 電泳部分：
1. 本實驗室不接受具放射性或生物感染性的樣品。
2. 送件樣品請依 蛋白質體學方法標準程序 製備 ( 僅接受溶於 rehydration buffer) ，若未依標準程序製備，本實驗室概不負成敗之責。
3. 樣品蛋白濃度必須高於：
500μg / 250μl(13cm / 24cm strip), Coomassie blue 。
250μg / 250μl(13cm / 24cm strip), Silver/ Ruby stain 。
( 二 ) 質譜分析部分：
1. 溶液態樣品不可含有鹽類，並請檢附SDS-PAGE或是HPLC圖譜以確定純度。
2. 送件樣品之建議總量範圍：1-100 pico moles。
3. 進行MALDI-TOF/TOF實驗，請於收到MALDI-TOF實驗數據後三日內指定所要分析之 胜 月太 離子。
4. 膠體樣品請註明染色方式並估計含量，並請提供含量証明，未提供含量証明者，無論實驗結果如何，均依收費標準收費。
5. 對於樣品規格不在保証範圍內導致實驗結果不儘理想，將依收費標準收費。
6. 蛋白水解酵素若非trypsin，須特別說明。
八、 核心實驗室使用注意事項：
1. 核心實驗室之設備，僅開放給已經取得上機資格之 user 使用。
2. 欲使用設備，必須先向設備管理人員辦理預約登記，並領取門禁識別卡，以當日借，最遲次日還為原則，並且僅限本人使用，否則將取消使用資格。
3. 除 IEF strip holder 及 Drystrip ( 費用另計 ) 由本實驗室統一提供外，其他試劑請自備。
4. 實驗結束後請將物品歸位、清理乾淨，並確實填寫使用記錄簿。
5. 實驗室器材嚴禁私自攜出。
6. 設備如因人為疏失或不當使用，使用人須負維修復原之責。
7. 分析結果僅供研究使用參考，本實驗室恕不負任何法律責任。
九、 收費方式：
1. |
轉帳繳款 ：長庚體系內之研究計劃案，其研究計劃主持人，於收到 使用各設備 之收費明細表時，應即予確認並簽名，後交由會計依計劃案號轉帳繳款。 |
2. |
現金繳款 ： 長庚體系內之非研究計劃案，或非長庚體系之委託案，則依各設備連絡人所開立繳款單， 至本校出納繳款 ，須收據者再至會計室開立。 |
3. |
電匯繳款 ：不方便現金繳款者，亦可將費用直接電匯至大眾銀行長庚分行 ，戶名：長庚大學，帳號： 036010030000。 |
十、 論文發表及聲明 ：
1. |
本核心實驗室之服務，以學術研究為主，凡向本實驗室申請表列之各項服務，於成果發表時均須於文章的致謝欄 (Acknowledgment) 中說明。至於質譜分析之實驗方法，如膠體內蛋白質水解、質譜數據取得及分析等內容將由本實驗室提供詳細說明。 |
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Acknowledgement
Proteomic mass spectrometry analyses were performed by the Proteomics Core Lab at Chang Gung University,Taoyuan,Taiwan,R.O.C. |
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2. |
若是與本校教師合作，並簽訂合作契約書，其成果之分享方式，則依合約規範之內容為之。 |
十一、 連絡人：
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©2006
Proteomics Core Lab. Chang Gung University