九十六學年度第三次教務會議中通過增訂學碩一貫學程學雜費優惠方案，請參照「學生修讀學、碩士一貫學程辦法」第八條規範：【預研生考入本校碩士班，其在本校大學最後一學年已繳學雜費與公立大學收費標準之差額，於入學碩士班第一學年第一學期，以獎學金一次核給，公立大學收費標準由會計室提供。

　　自97學年入學碩士班學生適用。每學年第一學期開學後二週，由教務處提供該學年考入本校碩士班之預研生名單，送學務處製作「長庚大學學碩士學程獎學金受獎名冊」（表號：B01302）一式兩份，經各所主任確認，並由各所通知得獎學生填報其匯款帳號後，由學務處將學生匯款帳號輸入獎學金系統，列印更新後「長庚大學學碩士學程獎學金受獎名冊」，呈校長核准後，受獎名冊一份自存，一份送交會計室辦理付款作業。】